За недолгое время работники музея сформировали фонды, которые на то время насчитывали более 8 тысяч единиц експонатов.
В военные годы музей потерял значительную часть фондов, фашистские оккупанты уничтожили и забрали много музейных ценностей. Только в послевоенные годы музей вновь понемногу начал собирать экспонаты. Робота музею была возобновлена пятого августа 1948 года.
Через шестнадцать лет краеведческий музей города Белгород получил статус областного. А через пять лет переехал и открылся для посетителей в здании Преображенского собора. В этот час активно собирается приличная музейная коллекция. Начинают роботу над новой экспозицией, которая в результате вышла исполнена на высоком уровне, как с художественной стороны, так и с научной.
После этого музей крепко закрепился в ряду головных музеев – его сделали методическим центром музеев Центрально-Черноземного региона. Таким образом, на его базе начали проводить разные семинары и совещания главного музейного руководства соседних областей.
Правда, в конце ХХ века здание собора было отдано епархии. После этого музей перенесли в новое здание, архитектором которого является В.В. Вишневский.
В этом здании первую открыли в январе 1994 года, которая носила название «О прошлом память возвращая…». Представленные здесь экспонаты рассказывают историю уникальных памятников, показывают все богатство природы края: животный и растительный мир.
Сегодня музей активно продолжает работать, организовывая все новые и новые экспозиции.