Начиная с 1888 и до ее закрытия, семинария возглавлялась протоиереем Иаковом Новицким. Но уже в 1918 советская власть окончательно закрыта семинарию.
Позднее, после переезда семинарии продолжало работу уездное духовное училище, а в 1906 на его базе епископом Питиримом был открыт филиал Курской духовной семинарии, что действовал до 1917 года, а точнее до октябрьского переворота.
Летом 1996 для белгородской семинарии началась новая история. Именно в этот день определение синода РПЦ утвердило решение насчет открытия миссионерской семинарии в Белгороде, что состоялось в сентябре. Ректором был назначен Иоанн – епископ Старооскольский и Белгородский. В 2000 прошел первый пятилетний выпуск среди воспитанников семинарии.
Среди ректоров семинарии за ее историю также числились игумен Никольского монастыря Иустин, игумен Николаевского монастыря Иеракс, иеромонах Досифей, протоиерей Иван Савченков, архимандриты Иосиф Величковский, Аполлос, Анатолий Мартыновский, Варлаам Успенский, Израиль Лукин, Феофил Надеждин, Флавиан Остроумов, Никодим Казанцев, Владимир Миловиднов, Елпидифор Бенедиктов и протоиерей Матвей Невский.
Сейчас учреждение представляет собой значительную культурную и религиозную ценность, чем обусловлена его востребованность среди населения.